在获证企业（尤其是小型企业）中，普遍存在一个问题，就是在职能分配上不突出质量综合管理部门的职能，直接影响体系的有效运行和体系运行的有效性。
通常，小型企业的质量综合管理部门有几种形式：①分散管理，无质量综合管理部门；②无职能部门分管，但明确由管理者代表负责；③由某职能部门兼管；④有职能部门分管，但往往职能不到位；⑤有分管职能部门，但力度不强；③有独立的质量综合管理部门，但职责不明确、职能不到位、组织不落实，管理薄弱。形成上述问题的主要原因是：企业领导对质量综合管理的重要性认识不足，不重视管理工作。
为什么要突出质量综合管理职能部门的职能呢？
首先，是质量管理的内容和要求决定的。按ISO 9000标准，质量管理的定义是，在质量方面指挥和控制组织的协调活动。在质量方面的指挥和控制活动，通常S 包括制定质量方针和质量目标以B 及质量策划、质量控制、质量保l 证、质量改进。在ISO 9001标准中，强调标准关注的有效性。可见，质量管理是一个整体概念，在质量管理中，指挥、控制和协调具有十分重要的地位，这正是质量综合管理部11应有的职能，通过这种职能实现体系有效性的要求。
其次，是八项质量管理原则要求所决定的。八项质量管理原则要求建立和实施的，就是要从领导到员工从企业到顾客、从过程到体系、从数据到决策，质量管理是全面的，是用管理的系统方法所形成的系统工程。只有加强宏观质量管理，体系才可能有序运行，发挥应有的作用。
第三，是ISO 9001标准的基本理念所决定的。 ISO 9001标准最为核心的理念就是以“过程”为基础，采用“过程方法”建立、实施、保持和改进，审过程方法管理组织。为此，必须强调在过程管理和控制上体现其连续性、相关性、系统性、可控性和有效性，要实施过程的连续控制；要在体系实施中关注过程控制的相互关联和相互作用；要把各过程联系起来，将相互关联、相互作用的过程作为系统加以识别、理解和控制；要抓好过程管理中的程序化和定量化，以实施有效的控制；要注重体系实施的有效性，促进过程增值业绩的改进。只有加强质量综合管理部门的职能，才可能实现过程方法的应用，并不断得到改进和完善。
第四，是质量管理在企业中所处地位决定的。质量管理是企业各项管理内容之一，应成为企业管理中的中心职能或核心任务，因为产品质量是企业生存和发展的根本。事实上，企业体系的建立包含了很多的内容，如人事、计划、科技、生产、营销、财务、环境、设备、物资。安全管理等，企业应通过抓好带动其他各项管理活动的开展。只有加强质量综合管理部门的职能，才能更好地推动企业的全面发展。
企业应总结分析质量综合管理职能部门的职责是否明确、职能是否到位、人员是否落实。领导和职能部门是两个概念，领导是进行决策，职能部门是具体指挥并组织实施。一些大、中型企业虽然有质量主管部门，但有的质量综合职能不到位，起不到应有的作用。质量综合管理部门应成为建立、实施、保持和改进质量管理的指挥部、参谋部、作战部，在职能分工上与其他职能部门相比，在中具有指挥权和决策权.
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