申请有机食品认证流程如下：
一、认证申请
1、申请人登陆www.ofcc.org.cn下载填写《有机食品认证申请书》和《有机食品认证调查表》，下载《有机食品认证书面资料清单》并填写。
2、申请人向分中心提交《有机食品认证申请书》、《有机食品认证调查表》以及《有机食品认证书面资料清单》要求的文件，提出正式申请。
3、申请人按GB/T 19360--2005 《有机产品》的要求，建立本企业的质量管理体系、质量保证体系的技术措施和质量信息追踪及处理体系。
二、预审并制定初步的检查计划
1、分中心对申报材料进行初审。初审合格，分中心将初审意见连同企业申报材料提交给认证中心。
2、认证中心对申报材料进行文件审核。
3、 审核合格，认证中心向企业寄发《受理通知书》、《有机食品认证检查合同》（简称《检查合同》）并同时通知分中心。
4、 认证中心根据检查时间和认证收费管理细则，制定初步检查计划和估算认证费用。
5、 当审核不合格，认证中心通知申请人，且当年不再受理其申请。
三、签订有机食品认证检查合同
1） 申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订《检查合同》。
2） 根据《检查合同》的要求，申请人交纳相关费用 ，以保证认证前期工作的正常开展。
四、实地检查评估
1、 企业寄回《检查合同》及缴纳相关费用后，有机食品认证中心派出有资质的检查员。
2、 检查员应从认证中心分中心处取得申请人相关资料，依据本准则的要求，对申请人的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。
3、必要时，检查员需对土壤、产品抽样，由申请人将样品送指定的质检机构检测。
五、编写检查报告
1、检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告。
2、检查员在检查完成后两周内将检查报告送达认证中心。
五、 综合审查评估意见
1） 认证中心根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检查员的检查报告和样品检验报告等进行综合审查评估，编制颁证评估表。
2） 提出评估意见并报技术委员会审议。
六、颁证决定
颁证委员会对申请人的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，做出同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝颁证的决定。证书有效期为一年。
当申请项目较为复杂（如养殖、渔业、加工等项目）时，或在一段时间内（如6个月），召开技术委员会工作会议，对相应项目作出认证决定。
1、同意颁证。申请内容完全符合有机标准，颁发有机证书。
2、 有条件颁证。申请内容基本符合有机食品标准，但某些方面尚需改进，在申请人书面承诺按要求进行改进以后，亦可颁发有机证书。
3、有机转换颁证。申请人的基地进入转换期1年以上，并继续实施有机转换计划，颁发有机转换证书。从有机转换基地收获的产品，按照有机方式加工，可作为有机转换产品，即“有机转换产品”销售。
4、拒绝颁证。申请内容达不到有机标准要求，颁证委员会拒绝颁证，并说明理由。
八、 有机食品标志的使用
根据证书和《有机食品标志使用管理规则》的要求，签订《有机食品标志使用许可合同》，并办理有机或有机转换标志的使用手续。
九、保持认证
1、有机食品认证证书有效期为1年，在新的年度里，COFCC会向获证企业发出《保持认证通知》。
2、获证企业在收到《保持认证通知》后，应按照要求提交认证材料、与联系人沟通确定实地检查时间并及时缴纳相关费用。
3、保持认证的文件审核、实地检查、综合评审、以及颁证决定的程序同初次认证。 
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