管理制度主要包括六个方面内容。
一是明确制度建设目标。以进货查验、食品添加剂使用、生产过程关键控制点、出厂检验、销售台帐等为关键环节，以监控点文件记录为主线，以食品标签标识为可追溯单元载体，以产品批号为切入点，实现对食品生产加工质量安全的可监控、可查询和可追溯目标。
二是明确体系建设要求。明确要求加强食品及食品原辅材料采购进货查验管理、食品添加剂使用管理、生产过程关键控制点管理、出厂检验管理、包装标识管理、产品流向管理以及不合格食品召回等方面的制度建设，提高追溯管理的科学性。
三是明确企业主体责任。企业法定代表人或者企业负责人为第一责任人，质量安全受权人为直接责任人。企业内应明确食品生产质量安全追溯的管理部门，负责食品质量安全追溯制度的建立和组织实施，确保食品安全追溯制度的顺利实施。
四是明确监管部门责任。各级食品药品监督管理部门要落实属地监管责任，负责对食品生产企业的食品生产追溯制度建立和运行情况实施监督检查，记录监督检查情况和处理结果，并对结果进行科学运行。
五是明确制度实施范围。所有获得食品生产许可证的食品生产企业都应当实施食品生产质量安全追溯管理制度，保证生产的食品可监控、可查询和可追溯。
六是明确加强档案管理。企业应当建立食品质量安全追溯记录档案，将各环节的质量安全记录统一归档管理，记录保存期限不得少于两年，产品有效期长于两年的，应保存至有效期满六个月。
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