在食品加工工业区域经常存在一些可能引起污染和交叉污染的潜在危险，一旦病原体传播到食物上被人食用，病原就会很容易发生。虽然交叉污染在生产的多个过程中都可能发生，但是只要能知道污染发生的原因与方式，便能有效地预防。例如：严格控制人流、物流、气流和水流方向,确保操作人员保持良好的卫生习惯,防止交叉污染的发生。
一、交叉污染的主要来源
1.工厂选址、设计、车间工艺布局不合理
企业需要建在环境无污染的地方，不能建在低洼处，在雨季时地面积存的污水很可能会倒灌进厂区从而污染水源。车间内部设计要合理，清洁区与非清洁区界限明确。
2. 生熟产品严格分开
①生熟分开主要包括了生熟区域、人员、生熟食品、工器具等都需要严格分开。
②生熟区域分开指同一区域内不能既有生制品或生物料，同时又有熟制品或半熟物料，不同的原料、半成品和成品可能会有不同的卫生安全要求。
③生熟区人员需要分开是指加工生产生制品的员工卫生防护控制与加工熟制食品的操作员工的卫生控制的要求不同，若生制品的工作人员进入熟制品生产车间，则会产生交叉污染；反之若熟制品车间员工进入生制品车间，同样也会出现交叉污染。
④生熟食品分开是指将生熟制品混放并未分开所造成的交叉污染。
⑤生熟器具分开是指生产过程中辅助生产所需要的工具、器具同时用于生熟制品车间或工序，并且在使用期间并未按照要求对工器具进行彻底的清洁消毒，也会造成污染。
3.加工人员个人卫生要符合人员卫生操作
生产加工人员需要严格按照人员卫生操作规范。
4.设备、工器具等消毒不彻底
设备、工器具的消毒不彻底，尤其是管道、传送带、料斗以及一些不易清洁的设备以及工器具死角，清洁消毒不彻底将会造成加工产品或不同批次产品的交叉污染。
5.生产加工区域内废弃物存放不当
生产过程中产生的废弃物，必要时有专人进行管理，若做不好这些废弃物的处理工作，将造成加工食品的交叉污染。
二、交叉污染的控制措施
1.工厂的选址、设计、应符合加工卫生要求
工厂的选址应该设立在周围环境无污染的地方，锅炉房设在厂区下风处，厂区厕所、垃圾处理区域应远离车间。
在车间设计上应根据由非清洁区→清洁区来合理安排车间布局。
工艺流程按照由原料加工、半成品加工、成品包装车间及工序依次分开，原料库与成品库分开，车间内所使用的工器具均应为易于清洗消毒且无毒产品。
车间废水排放 应按照清洁区→一般作业区→污水处理的排放，且废水直接排入水沟中，不能造成地面积水。
2.生熟要严格分开
车间内生区和熟区要分开，做到人流、物流、气流、水流严格分开，不能相互交叉。
在设计时应提前规划并明确人流、物流、水流、气流的方向。
3.食品原料采购污染控制措施
实施原材料采购的验收把关质量管理，严格控制原材料质量，不符合要求的原材料不准使用，直接做拒收处理。
4.食品储存污染控制措施
库房要保持干燥整洁，无积水、蚊虫，门窗封闭完好、通风良好、严禁放置有毒、有害以及和产品无关的物品；
库房存放的成品或原料在存放过程中不能直接与地面和墙壁接触，按照产品类别进行分区分类存放，定期排查，及时处理变质或超过2/3保质期的不良库存，并进行专人管理；
原辅包装材料严格按照标准验收并入库，确保原辅包装材料清洁、无破损、无污染。
5.食品加工过程污染控制措施
生产工艺流程应科学、合理，人流、物流分开通道。
生产加工过程应当严格按照生产工艺执行，并采取必要的措施防止食品交叉污染；
企业随季节变化制定合理的防护措施，定期排查并分析原因，不断完善，比如设置相应的防鼠、防蚊蝇的有效措施，避免危及食品质量安全；
食品加工过程的周转要有专门的符合食品要求的工器具，且生产区域不得存放与生产无关的物品，清洗消毒类化学品需要专门存放并由专人管理。
6.完善员工的卫生管理制度
食品加工人员每年应进行健康检查，取得健康证明；
上岗前应接受卫生培训,提高食品从业人员控制食品污染的技能；
进入作业区域应规范穿着洁净的工作服，不应配戴饰品、手表，不应化妆、染指甲；
生产期间不得随意串岗；
不得携带或存放与食品生产无关的个人用品，按要求洗手、消毒，头发全部放于工作帽内 ；
离开作业区域或接触可能有污染的物品后再次进入作业区域前须严格按照要求进行洗手消毒。
7.废弃物控制措施
制定废弃物存放和清除制度；
车间内在生产过程中掉落的需要废弃的半成品或成品，需要及时清除且消毒处理；
车间外废弃物放置场所应与食品加工场所隔离防止污染，防止虫害孳生。
8.化学品污染的控制
制定防止化学污染管理制度，分析可能的污染源和污染途径，制定适当的控制计划和控制程序；
食品添加剂严格按照GB 2760的要求；
建立清洁剂、消毒剂等化学品的使用制度并作好记录，食品添加剂、清洁剂、消毒剂等均应合理保存，明确标示、分类贮存，领用时应准确计量、做好使用记录。
9.制定清洗和消毒制度
制定有效的清洁消毒制度，降低微生物污染的风险；
落实清洁消毒制度的执行情况，真实准确记录，及时验证消毒效果，发现问题并及时整改。
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